相对于传统的沸点差分法原理，分子蒸馏是一种特殊的液液分离设备，分子蒸馏是通过不同物质分子运动的平均自由程来进行分离。

相对于传统蒸馏，分子蒸馏有四个优点：

1.工作温度低。

分离时，在分离过程中，当蒸气分子从液相脱除(挥发)后即可以分离，而无需达到沸点状态。这样，国产分子蒸馏就可以远离物质沸点的状态。

2.蒸汽压力低。

为了获得足够大的平均自由程，就必须降低蒸馏压力，才能获得足够大的平均自由程。

3.缩短加热时间。

在分子蒸馏装置中，加热面和冷凝面之间的距离比轻分子运动的平均自由程小，轻分子从液面逸出时几乎不碰撞到冷凝表面，并缩短了加热时间。

4.分离程度和产物产率高。

在常规蒸馏过程中，通常采用国产分子蒸馏将难于分离的物质分离，分离程度高，产物收率高。